بعد أن تفتّح وأينع في رياض خمين الفواح، توجّه الامام الخميني عام 1339 للهجرة الى سلطان آباد (اراك) لمواصلة دراسته في الحوزة العلمية هناك بزعامة آية الله الشيخ عبدالكريم الحائري.. و كانت الحجرة التي كان يقيم فيها سماحة الامام في مدرسة اراك العلمية على مدى عام كامل تقريباً، تقع في الجانب الشرقي من المبنى، وتتولى منظمة التراث الثقافي الاهتمام بها في الوقت الحاضر.
و بعد أن قام المرحوم آية الله الحائري بنقل مقر الحوزة العلمية الى مدينة قم المقدسة، قرر الامام الخميني ، الذي كان قد بدأ للتو بدراسة كتاب (المطول) ، الانتقال من اراك الى قم في مهر عام 1301شمسي والاقامة في مدرسة دار الشفاء ، ومواصلة دراسته في حوزة قم حديثة التأسيس بجدية اكبر.