مرقد سماحة الامام الخميني الذي يشتهر في ايران بـ (الحرم المطهر)، شيّد في أقصى نقطة من جنوب طهران الى جوار قبور الشهداء في مقبرة (جنة الزهراء)، ويعد في الحقيقة مؤسسة كبيرة وفريدة من نوعها.
في ليلة الرابع عشر من خرداد وفيما كان امام الأمة يلفظ أنفاسه الأخيرة، عقد اجتماع في جماران حضره المرحوم الحاج السيد احمد الخميني وعدد من اعضاء مكتب الامام وعلماء الدين في قم وطهران وكبار المسؤولين في الدولة، و تم مناقشة الآراء حول مكان دفن سماحته، وعرض كل واحد من المسؤولين والقادة وعدد من المراجع وعلماء الدين وجهات نظرهم ومقترحاتهم. وبعد أن حدد الحاضرون المكان المناسب لدفن الامام، تقرر بناء على وجهة نظر المرحوم حجة الاسلام والمسلمين الحاج السيد احمد الخميني وآخرين، أن يدفن جثمان الامام (قدس سره) بالقرب من شهداء الثورة الاسلامية العظام ومقبرة جنة الزهراء (بهشت زهراء). وقد تم ارسال فريق للبحث عن الموقع واختيار المكان المناسب بالنسبة لجنة الزهراء وضواحيها. وبعد البحث والتحري استقر الرأي على المكان الحالي، وقد تم شراء الارض من صاحبها بالتعاون مع منظمة جنة الزهراء. يشار الى أن المصادر المالية لهذا المشروع العظيم ثم تأمينها من التبرعات الشعبية والمساعدات ومساهمات المؤسسات والمراكز والنذورات والاوقاف.
وخلال الفترة مابين رحيل الامام و مرور اربعين يوماً ، تم تعيين الحدود الاولية للحرم استناداً الى مركزية الضريح الطاهر. وتم تسقيف المكان بالاستعانة بالامكانات المتوافرة في فترة قياسية. ومن ثم شيدت القبة الرئيسية من ثمانية أعمدة وعلى ارتفاع ثمانية أمتار. كما شيدت اربع منائر احتلت مواقعها في الجهات الاربع: الشمال والجنوب والشرق والغرب.
ان الهندسة المعمارية الاسلامية التي استخدمت في بناء المرقد الطاهر وامتازت بتصاميمها الخاصة والحديثة، كانت مثار اعجاب وانبهار كل من شاهدها عن كثب. وأن البناء الداخلي للحرم الذي أقيم على اربع قواعد، يوحي بعظمة خاصة للضريح.